第一，造成稅負不公的現(xiàn)象。電子商務(wù)環(huán)境下運用常設(shè)機構(gòu)認定規(guī)則時，很難確定網(wǎng)址、服務(wù)器、ISP是否為常設(shè)機構(gòu)，在同等的市場條件下，電子商務(wù)的納稅人承擔的稅收負擔要比傳統(tǒng)交易的納稅人承擔的稅收負擔輕，從而處于更加有利的競爭地位。但是，如果政府為了避免大量的稅收收入在電子商務(wù)中流失，匆匆制定新的稅收規(guī)則，則會導(dǎo)致新的稅收不公。

第二，造成來源地國與居住國之間的稅收利益分配失衡。在電子商務(wù)環(huán)境下，難以認定常設(shè)機構(gòu)的成立，納稅人的經(jīng)營地址難以確定，納稅地點也難以掌握，從而弱化了來源地稅收管轄權(quán)，而居住國卻可以憑借居民稅收管轄權(quán)對電子商務(wù)的納稅人加以征稅而取得本應(yīng)屬于來源國的那部分稅收，這樣原本由來源國和居住國分享的稅收利益，變成了由居住國獨占享有，造成了國際間稅收利益分配的嚴重失衡。

第三，引發(fā)國際重復(fù)征稅的現(xiàn)象。在電子商務(wù)環(huán)境下，來源地國往往出于自身利益的考慮，將現(xiàn)行的稅收管轄權(quán)規(guī)則重新做出對自己有利的解釋。當主張居民稅收管轄權(quán)的國家與主張所得來源地稅收管轄權(quán)的國家發(fā)生爭議的時候，雙方不能依據(jù)現(xiàn)行稅收協(xié)定確定稅收分配比例，引起雙重征稅，勢必嚴重阻礙電子商務(wù)的發(fā)展。

第四，加劇了國際逃避稅現(xiàn)象。在跨國電子商務(wù)中，分處不同國家的當事人之間通過國際互聯(lián)網(wǎng)絡(luò)可以直接在計算機上完成談判、訂貨、付款等交易行為。這樣在來源國境內(nèi)設(shè)立營業(yè)場所、固定機構(gòu)或委托營業(yè)代理人開展業(yè)務(wù)的傳統(tǒng)方式就失去了其存在的意義，從而引起國際避稅的問題。

另外，如果把網(wǎng)址或服務(wù)器作為常設(shè)機構(gòu)，它的所在地與參與經(jīng)濟活動之間是可以分離的，利用網(wǎng)址經(jīng)營的企業(yè)將服務(wù)器放在避稅港，便可以達到逃避來源地稅收管轄的目的，造成國家稅收的大量流失。