對于自偵案件中只有一個犯罪嫌疑人的案件，或者全部犯罪嫌疑人都已經到案的案件，檢察院只需要按照有關程序進行正常處理即可，對于部分犯罪嫌疑人在逃的案件，就會根據查明的情況分成兩類來處理。

檢察院自偵共同犯罪案件部分犯罪嫌疑人在逃的，根據在案犯罪嫌疑人有關犯罪事實的落實情況，分別有以下5種處理方式： 1、移送起訴；對于事實清楚，證據確實充分應起訴的。 2、移送不起訴；對于事實清楚，證據確實充分證明不應起訴的。 3、報請延長偵查羈押期限；對于事實無法查清，但仍在偵查法定期限內的。 4、變更強制措施；對于已經采取的強制措施期限已經屆滿，但仍可以繼續(xù)偵查的。 5、解除強制措施。對于所有強制措施期限都已經屆滿的。

檢察院在辦理自偵案件時，對于共同犯罪的部分同案犯罪嫌疑人在逃的案件，要根據對在案犯罪嫌疑人的犯罪事實查明的情況，分別以上情況進行處理，說明《刑事訴訟法》對案件處理的原則也是實事求是。對于事實清楚的，按照規(guī)定處理，對于事實不清的，暫時不做出最終處理意見是一種必要的妥協(xié)。畢竟對于一個案件來說，在情況不明的情況下暫時不予追究，不影響將來在事實清楚的情況下補充追究，但錯誤的追究，會讓無罪的人遭受無端的刑事責任，有悖于疑罪從無的原則！